ในสมัยอยุธยา จนกระทั่งถึงสมัยกรุงธนบุรีและรัตนโกสินทร์ เมืองกาญจนบุรีมีฐานะเป็นเมืองหน้าด่านสำคัญในการทำสงครามระหว่างกองทัพไทยกับพม่า โดยตัวเมืองเดิมตั้งอยู่ที่ตำบลลาดหญ้า (บริเวณเขาชนไก่ในปัจจุบัน) ภายหลังจนถึง พ.ศ. 2374 รัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 3 ได้ย้ายตัวเมืองไปทางตะวันออกเฉียงใต้ประมาณ 16 กิโลเมตร ไปตั้งที่จุดบรรจบของแม่น้ำแควใหญ่และแม่น้ำแควน้อย ซึ่งเป็นที่ตั้งของเมืองกาญจนบุรีในปัจจุบัน